疫苗接种通常不会引起副反应，或者副反应很轻微，接种疫苗后腹泻应当考虑其他因素引起的腹泻，例如喂养不当、着凉、细菌性、病毒感染和消化不良性等。

虽然所有的疫苗都有一定的副反应，但并不是所有的副反应都是疫苗引起的。如果接种疫苗后出现了某种症状，父母通常首先考虑是不是接种疫苗引起的反应，把一切原因都归咎于疫苗，很可能会忽略导致腹泻的真正原因。

非活性疫苗反应大都在1～2天内发生，活性疫苗则视其种类需1～2周的时间出现症状，如果腹泻的发生不再这种常规的时间窗内，应当考虑别的因素引起的腹泻，例如喂养不当、着凉、细菌性、病毒感染和消化不良性等。

预防接种副反应按发生的原因分为一般反应和异常反应。一般反应，是由疫苗本身所引起的反应，有可能是局部反应，也有可能是全身反应。“全身反应”一般是指发热、头痛、恶心、呕吐、腹痛等反应，其中以发热最为常见。接种灭活疫苗后5～6个小时或24小时左右出现体温升高，通常持续1～2天。“局部反应”一般表现为注射部位红肿和疼痛，一般在接种后的10小时左右出现，会在2～3天内自行消失。但接种卡介苗则出现的局部化脓，需要2～3个月时间才能恢复，愈后会留下永久性疤痕。异常反应是指与一般反应性质或表现均不同的副反应。例如接种百白破后出现无菌性化脓，接种乙脑疫苗后出现面部皮疹、面部局部水肿，还有过敏性休克、血管紧张性水肿等。